1、诉讼的目的不同。民事诉讼所要解决的是平等主体之间的民事权利和义务的争议；行政诉讼所要解决的是国家行政机关的具体行政行为是否合法、正确问题；刑事诉讼所要解决的是涉嫌犯罪的人是否确实犯罪和犯什么罪以及应处何种刑罚问题。
2、提起诉讼的主体不同。民事诉讼中双方当事人都可以提起诉讼，原告起诉后，被告可以反诉；行政诉讼只能是由行政管理的相对人提起诉讼，行政机关始终处于被告地位，不能反诉；刑事诉讼除自诉案件由自诉人提起诉讼外，均由人民检察院提起公诉。
3、举证责任不同。在民事诉讼中，谁主张权利谁负责举证；在行政诉讼中，只由被告(行政机关)负举证责任；在刑事诉讼中，公诉人负有提供被告人有罪的证据，并加以证明的责任，被告人不负举证责任，但可以提出自己罪轻或无罪的材料为自己辩护。
4、适用的法律不同。民事诉讼主要适用《民法通则》和《民事诉讼法》；行政诉讼主要适用行政法律、法规和《行政诉讼法》；刑事诉讼主要适用《刑法》和《刑事诉讼法》。
