Ubuntu 14.04 LTS下编译安装Open Babel和Python语言绑定

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2019年10月1日04:28:38 评论 147 views
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一、Open Babel简介

Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种文件类型化学结构转换成另一种文件结构。当在工作中需要用到同一个结构不同类型的文件时非常好用。

二、Open Babel的安装

由于没有找到Open Babel的二进制包,所以只能通过源码编译安装,Ubuntu 14.04 LTS下源码编译安装需要经过一下步骤

1、准备工作
  1. 下载源码包,openbabel-2.3.1版本
    下载地址http://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.3.1/openbabel-2.3.1.tar.gz/download
  2. c++编译器和cmake准备
    c++编译器需要GCC 4以上版本或者MSVC++2008,或者Clang和Intel 11
    cmake需要CMake 2.4以上版本
  3. 可选准备项
    由于我想要安装Open Babel的python语言扩展,所以需要安装Eigen 2python-dev在ubuntu下可以使用包管理工具apt-get来安装
$sudo apt-get install python-dev
$sudo apt-get install libeigen2-dev
2、编译安装

将下载好的源码包解压缩

$ tar -zxvf openbabel-2.3.1.tar.gz   # 这条命令将会创建一个名叫openbabel-2.3.1的文件夹
$ mkdir build
$ cd build

接下来要做的是cmake, 由于我要安装Python扩展,所以我的cmake选项后有额外的参数

$ cmake ../openbabel-2.3.1 -DPYTHON_BINDINGS=ON    

这样的话就会安装python扩展了,按这条命令cmake之后你的openbabel最后会安装在/usr/local/目录下,所以最后需要超级权限,如果没有可以在后边加参数确定安装位置

$ cmake ../openbabel-2.3.1 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/openbabel -DCMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG -DPYTHON_BINDINGS=ON   

上边命令的意思是我要把openbabel安装在home下openbabel目录下, 同时安装python扩展。
接下来就是make了

$ make
# 如果你的cpu是多核的,你可以使用多核加速编译
$ make -j4
# 这条的意思是使用四个核同时make,速度会快不少哦,后边数字要符合你自己的硬件

最后就是安装了

$ sudo make install

由于我是默认安装,所以需要超级权限,如果你是装在home下可以直接make install

接下来我们在python中看看是否成功
Ubuntu 14.04 LTS下编译安装Open Babel和Python语言绑定
如果没有报错就没问题了,但是如果你出现了类似下边的错误
Ubuntu 14.04 LTS下编译安装Open Babel和Python语言绑定
那么就需要你在你的.bashrc文件中声明一个环境变量了

#open babel
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib
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  • 本文由 发表于 2019年10月1日04:28:38
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